Heiko ter Schegget studeerde blokfluit aan het Utrechts Conservatorium bij Leo Meilink en Marion Verbruggen. In 1981 sloot hij deze studie af met het examen solospel. Als solist concerteert hij regelmatig in Europa, Amerika, Japan en Israël. Tevens treedt hij op met ensembles en orkesten zoals "The Amsterdam Baroque Orchestra" en de Nederlandse Bachvereniging.
Hij werkte mee aan vele CD producties, o.a. de opnames van de complete Bach cantates o.l.v. Ton Koopman. Samen met Zvi Meniker (klavecimbel) nam hij in 1995 zijn eerste solo CD op met werken van J. S. Bach, in 1998 volgde een CD met Nederlandse barokmuziek met het Trio de l'Oustal (met Mieneke van der Velden, viola da gamba en Zvi Meniker, klavecimbel).
Uit vele delen van de wereld komen studenten naar het Utrechts Conservatorium, waar hij hoofdvak blokfluit en kamermuziek doceert, om bij hem te studeren. Tevens is hij een veelgevraagd docent voor cursussen en masterclasses, ondermeer in Duitsland, Frankrijk, Portugal, Tsjechië, Japan en Israël.
Naast zijn werkzaamheden als speler en leraar houdt Heiko ter Schegget zich intensief bezig met de bouw van blokfluiten naar historische voorbeelden